已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。船员们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。不久到达波利斯的4名队员，而等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前却出现了人类认定已经灭亡了的怪兽。就在同一时刻,驾驭怪兽的青年也出现了！而他的目的又是什么呢？