21世纪初，地球迎来和平，地球防卫军完成使命，TPC随之成立。然而，正如超古代预言，怪兽“哥尔赞”与“美尔巴”出现并袭击了藏有三尊巨石像的金字塔，其中两尊被毁。关键时刻，继承了超古代战士基因的大古与仅存的迪迦石像融合，唤醒了沉睡的迪迦奥特曼。