故事发生在2030年的日本。一种病毒正在全世界范围内蔓延。病毒感染者会突变成怪物，而且根据年龄、性别、种族的不同，会变化出不同形态。因为变化形态的多种多样，这种病毒被称为「Gibia」（像野生鸟兽富有多样性）。然而，在日本这片废土之上，一对武士与忍者突然出现了。他们二人从江户时代的早期穿越而来，在研究病毒治疗方法的博士的帮助下，共同展开行动。面对着接踵袭来的Gibia，抢夺路人食粮的亡命之徒，以及各种敌人的围攻之下，杀机重重、生死攸关的冒险之旅开始了。