未来世界，人类被未知病毒“毒蛇”所毁灭，没有被“毒蛇”杀死的人被转换成了量子数据，并把所有数据资料转移到了分散于世界各地的量子服务器，生活在量子计算机中的虚拟世界。真实世界被“世界蛇”所控制，并不断建造实验场破坏地球。部分能够发现自己是生活在虚拟世界中的人们被称为“引导者”，他们的目标就是将所有数据化的人类重新还原到现实世界。成为引导者后，会被传送到“海神号”，成为“枪手”或“术士”，与“世界蛇”对抗。主角京是个快活的游泳少年，他在千叶舞县近郊的高中上学，是个忙碌于恋爱和友情的普通高中生。但是有一天在神秘的转学生紫雫乃的引导下，被卷入了异世界的巨大机器人的战斗中。于反复战斗中怀抱着各种疑问，并为之苦恼的京，为了保护自己与同伴而挺身投入战斗之中……