舞-乙HiME的舞台是以前地球人類移民的行星エアル，以及當時發生的兩大戰爭（十二王戰爭與龍王戰爭）。某夜，溫德布盧姆王國（風花王國）的風華宮被入侵，國王與王妃被殺害，服侍國王的乙HiME也失蹤了。14年後，以徒步穿越沙漠的少女愛莉卡・夢宮（亞里香），為了找尋從出生就馬上分離母親而到了風花王國，並帶著母親的信物「蒼天之青玉」來到了世界唯一培養乙HiME的學校加爾迪羅貝學園。入境後，愛莉卡偶然遇見了加爾德羅貝學園的預科生尼娜・王和風花王國的公主真白・布蘭・杜・溫德布盧姆，3人突然遭遇到黑團所操控的奴獸攻擊，愛莉卡身上的「蒼天之青玉」化解了危機。愛莉卡想盡辦法入學，終於成為加爾迪羅貝學園的預科生，但過的生活非常苦，有一名匿名的援助著解決了愛莉卡學費的問題，在那之後她不小心與真白闖入了風華宮的地底，發現了古代的超級兵器「古風琴」，緊接著又被黑團的奴獸襲擊，所以真白不得不用「蒼天之青玉」與愛莉卡定下契約，後來以蒼天之青玉的力量打敗了奴獸。後來愛莉卡潛入真祖所在的靈廟，知道了被藏在華麗的乙HiME歷史背面的黑暗，「作為戰爭兵器分成敵我被迫作戰了的「乙HiME……