地球遭到哥斯拉的毁灭，Haruo的父母被杀害，他作为被选中的一员，逃离到了外星球。但新行星并没有适合人类的生存环境，于是被选中的人类只能折返。然而回到地球后，这里已经是2万年之后的世界了。人类与哥斯拉陷入了一场你死我亡的激烈决战。