迷你世界魔法学院，是一个传授魔法知识和机关陷阱制造技巧的学院。迷斯拉、余小乐、兔美美等人进入魔法学院进修，以便能更好的在迷你大陆上生存，他们都梦想着，成为迷你大陆上真正的最强者。正逢迷你世界魔法学院一年一度的开学大业，迷斯拉欢天喜地来到学院，赫然发现自己的同桌竟然是暑假期间因为“偷瓜”事件而不打不相识的余小乐，自此展开了一段相爱相杀的同学故事。在魔法学院里，他们一起度过了一段嬉笑怒骂、鲜衣怒马的快乐同窗时光，帮助原生态部落寻找失踪的公主、参加迷你世界生存夏令营、探险雨林和密室、角逐各种难度的灾难跑酷……魔法学院的同学们关关难过关关过，在不断试炼的过程中，玩玩闹闹地成功毕业了。