寇克（威廉·夏特纳 饰）上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他的好友斯波克（伦纳德·尼莫伊 饰）船长无故身亡，而麦科伊（德福雷斯特·凯利 饰）医生亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克向寇克透露了一个惊人的消息，原来麦科伊正窝藏斯波克的驱壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此下定决心要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星的封锁区，跟敌军展开殊死之战！