该片定位为科普纪录片，其内核在于对科学内容的呈现。《神奇的嫦娥五号》将着眼点放在嫦娥五号任务本身之上。嫦娥五号任务就是全片的“主角”，片中没有过多与人相关的画面，多数都是探月过程中的真实影像、与嫦娥五号探测器相关的动画影像、讲解科学原理所需的图表动画等，紧紧围绕嫦娥五号所呈现的画面，则更纯粹地聚焦在了科学内容的本身。探测器、火箭、轨道、采样装置、对接机构等成为全片的叙事主体，既使观众获得了更为贴近实物的视角，宇宙的幽深与嫦娥五号探测器的神奇常常交相呼应，为片中蕴藏的科学知识赋予了强大的吸引力。